微生物菌剂是现在好的微生物肥料，既可以提供有机质，还可以提供抗病菌。微生物菌剂正常情况下，不需要和有机肥混合使用？微生物菌剂的原料一般都是氨基酸作为载体加的有益菌，氨基酸中也会含有有机质。这样就不需要再配合有机肥一起使用了，直接兑水冲湿对苗期抗病都有很好的效果。
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国内： 在20 世纪30 年代我国对微生物有机肥料研究刚刚起步。张宪武对大豆根瘤菌接种技术进行研究，他从我国东北各地土壤样本中分离到130 个固氮菌菌株并推广150万公顷，使当时大豆平均增产10% 以上。这为微生物有机肥料垫底了基础。 70~80 年始了对丛枝菌根的部分真菌与植物根形成的共生体系的研究。 90 年代，刘荣昌等研发出以“环状芽孢”为有效菌的“生物钾肥”，许景钢研发出“土壤磷素活化剂”。这一时期出现的微生物有机肥料的特点是成分为单一的营养菌，主要通过利用微生物特性来提高土壤中主要有机营养元素的含量和有效性从而减少化肥对土地的伤害。
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微生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗；精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。
微生物有机肥经高温腐熟，了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生；精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。
微生物有机肥中添加了有益菌，玉溪微生物有机肥，由于菌群的占位效应，减少病害发生；精制有机肥由于高温烘干，玉溪微生物有机肥生产商，了里面的全部微生物。
微生物有机肥养分含量高；精制有机肥由于高温处理，造成了养分损失。
微生物有机肥经除臭，气味轻，几乎无臭；精制有机肥未经除臭，返潮即出现恶臭。
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